一、恩阳区恩阳河中华鳖国家级水产种质资源保护区

恩阳河中华鳖国家级水产种质资源保护区总面积856公顷，其中核心区面积560公顷，实验区面积296公顷。特别保护期为全年。保护区范围为东经106°39′50″-106°46′29″，北纬31°39′44″-31°46′16″之间。保护区位于四川省巴中市恩阳河恩阳镇圆窝子-石城乡大石坝-三江镇鳌溪河口及其支流鳌溪河玉山镇柳树坝-石城乡黑窝子-三江镇鳌溪河口，全长45km。其中核心区包括2段，核心区1长19km，面积380公顷，起点坐标为恩阳河石城乡大石坝（106°41' 34"E，31°45' 33"N），终点坐标为三江镇鳌溪河口（106°46′25"E， 31°45′00"N）；核心区2长10km，面积180公顷，起点坐标为支流鳌溪河石城乡黑窝子（106°43′46"E，31°43′29"N），终点坐标为鳌溪河口（106°46′25"E，31°45′00"N）。实验区包括2段，实验区1长4km，面积80公顷，起点坐标为恩阳河恩阳镇圆窝子（106°39′50"E，31°46′16"N），终点坐标为石城乡大石坝（31°45' 33"N，106°41' 34"E）；实验区2长12km，面积216公顷，起点坐标为支流鳌溪河玉山镇柳树坝（106°40′25"E，31°39′44"N），终点坐标为石城乡黑窝子（106°43′46"E，31°43′29"N）。主要保护对象为中华鳖、岩原鲤，其它保护物种包括乌龟、鳜、南方鲇、黄颡鱼、中华倒刺鲃、白甲鱼、华鲮、鲤、鲫等。

二、通江县诺水河珍稀水生动物国家级自然保护区

诺水河珍稀水生动物国家级自然保护区位于四川省通江县境内，范围在东经107°8'14''—107°40'7''，北纬31°56'54''—32°28'50''之间。2012 年1月21日国务院以“国办发〔2012〕7号”批准为国家级自然保护区。保护区河流全长217 公里，包括大通江河135 公里、小通江河82 公里，总面积9220公顷。其中核心区为小通江河板桥—诺水河镇苦竹滩，大通江河长坪—陕西交界处、长坪—什字，面积5440公顷；缓冲区为小通江河新场—板桥，大通江河碧溪水文站—长坪，面积2430公顷；实验区为小通江河赤江—新场，面积1350公顷。主要保护对象为物大鲵、水獭、重口裂腹鱼、岩原鲤、中华鳖、乌龟、青石爬鮡等。

三、通江县大通江河岩原鲤国家级水产种质资源保护区

大通江河岩原鲤国家级水产种质资源保护区总面积为979.5公顷，其中核心区面积为700公顷，实验区面积为279.5公顷。核心区特别保护期为全年。保护区位于四川省通江县大通江河兴隆乡浴溪村二社九浴溪大桥至永安镇碧溪七村一社碧溪水文站、支流月滩河瓦室镇长胜大桥至瓦室镇长胜四村一社石洞口之间。范围在东经107°14′—107°20′，北纬32°05′—32°12′之间。保护区河流全长28公里。其中碧溪水文站—瓦室镇一村一社青滩为实验区，长8公里；其余河段为核心区，长20公里。其东岸是浴溪乡浴池岭村，瓦室镇雨花村、桂花村、钟林村、笔架村，烟溪乡烟溪沟村、向家营村，永安镇碧溪村。西岸是瓦室镇南跃村、岗岭村、九龙村，烟溪乡罗张窝村。主要保护对象为岩原鲤、中华鳖、华鲮等。

四、平昌县通河特有鱼类国家级水产种质资源保护区

通河特有鱼类国家级水产种质资源保护区总面积1970公顷，其中核心区面积945公顷，实验区面积1025公顷。特别保护期为全年。保护区位于四川省平昌县境内，属渠江水系的通河，范围在东经107°06′26″—107°15′04″，北纬31°33′50″—31°40′30″之间。保护区是经上游至下游的澌滩乡凉亭村断滩（107°15′04″E，31°40′30″N）、澌滩乡泥滩子（107°13′43″E，31°39′41″N）、云台镇洗滩坝（107°12′52″E，31°36′21″N）、元山镇浮跃子（107°09′51″E，31°38′24″N）、江口镇荔枝码头（107°08′56″E，31°33′50″N）、江口镇石桥沟（107°08′56″E，31°33′50″N）、江口镇王家嘴码头（107°06′26″E，31°33′50″N）七个拐点的通河组成，包括通河流经的澌滩乡凉亭村断滩—澌滩乡泥滩子—云台镇洗滩坝—元山镇浮跃子—江口镇荔枝码头—江口镇石桥沟—江口镇王家嘴码头，全长43.8km。其中核心区为：云台镇云台码头（107°11′29″E，31°38′35″N）—江口镇荔枝码头（107°08′56″E，31°33′50″N），长21 km。实验区分为2段，即澌滩乡凉亭村断滩（107°15′04″E，31°40′30″N）—云台镇云台码头（107°11′29″E，31°38′35″N），长18.8 km；江口镇荔枝码头（107°08′56″E，31°33′50″N）—江口镇王家嘴码头（107°06′26″E，31°33′50″N），长4 km。主要保护对象为中华倒刺鲃、华鲮，其他保护对象包括岩原鲤、翘嘴红鲌、黄颡鱼、鳜、白甲鱼等。

五、南江县焦家河重口裂腹鱼国家级水产种质资源保护区

焦家河重口裂腹鱼国家级水产种质资源保护区总面积1419公顷，其中核心区面积618公顷，实验区面积801公顷。特别保护期为全年。保护区位于巴中市南江县境内，属嘉陵江左岸支流东河上游，当地称焦家河。范围在东经106°40′58″—106°58′34″，北纬32°37′55″—32°43′01″之间。该段焦家河流经光雾山镇映水坝—桃园寺—光雾山镇—两河口—白头滩，支流韩溪河截贤驿—两河口，支流铁炉坝—光雾山镇，支流魏家坝—桃园寺，全长71.3km。其中核心区包括2段，即光雾山镇（106°48′07″E，32°40′08″N）—白头滩（106°40′58″E，32°39′20″N），长25km；支流截贤驿（106°46′32″E，32°41′15″N）—两河口（106°46′06″E，32°40′28″N），长6km，核心区全长31km。实验区包括3段，即映水坝（106°58′34″E，32°40′15″N）—光雾山镇（106°48′07″E，32°40′08″N），长21.3km；支流铁炉坝（106°51′23″E，32°43′01″N）—光雾山镇（106°48′07″E，32°40′08″N），长11km；支流魏家坝（106°50′13″E，32°37′55″N）—桃园寺（106°48′30″E，32°40′02″N），长8km，实验区全长40.3km。主要保护对象为重口裂腹鱼、大鲵、龙洞山溪鲵、南江角蟾，保护的其它物种包括南方鲇、鳜、黄颡鱼、中华倒刺鲃、白甲鱼、华鲮、鲤、鲫等。