农村土地相比于城市土地具有多样性，不仅有用于农林渔牧的农业用地，也有用于生产的乡镇企业建设用地，有用于居住的宅基地等，地上不动产更是因此而具有多样性;如此多样性的不动产，其流转的形式也并不统一，有可能涉及买卖、转包、租赁、抵押、置换及其他多种流转方式，这就更增加了农村土地流转的复杂性。而不动产登记条例要把如此多样复杂的农村土地流转进行统一而明确的登记，这无疑会对农民集体土地的流转制度产生深远的影响。
(一)统一登记，有助于农村集体土地流转的市场化进程。
不动产登记条例实施后，不动产登记薄将对农村土地所涉及的不动产进行统一登记，正所谓一册在手，包揽无余，各种形形色色的农村土地相关的不动产均有明确的形貌，土地有四至，房屋有面积，用途有界定，价值能评估。如此则各种农村土地所涉不动产，均能转换成货币，进行统一衡量。闲置的土地，由此获得价值;同类的土地，得以比较价值。如此市场主体有充分的余地对农村土地进行挑选，通过自有竞争来优化农村土地相关不动产权利的配置，进入良性发展的轨道。
在登记制度完备之后，比如有城市的人想要承包农田进行粮食生产，就可以通过与承包人签订合同后，对自己的转包权进行不动产的登记备案，免除了长期发展的后顾之忧。不会因为对承包权的不确定，而担心土地随时会被发包人收走的问题，可以安心发展生产。
(二)对农村土地相关不动产进行明确登记，有助于有效化解土地流转过程中产生的各种纠纷。
不动产登记条例实施后，农村土地相关的不动产如能得到明确登记。那么土地流转过程中，相关不动产的权利人就确定了，一旦发生土地被征收的情况发生，就不至于轻易陷入纠纷之中。
比如，一个农民转包了另一个农民的林地，在不动产登记条例实行之前，林地上的林木的所有权到底属于谁很有可能会界定不清。转包发包人会认为林地上的树木当然是属于他所有，而转包承包人则认为，自己承包林地之后，已经经过精心打理，原先的小树已经变成了大树，这个树木应属于他所有。一旦当林地被征收，树木变成地上附着物需要补偿时，这时候矛盾往往就极容易激化，为此而打官司，闹上法庭的事例比比皆是。如果，不动产登记薄上明确记载了林木的所有权归谁所有，那么这样的纠纷就很容易得到解决了。
(三)有助于农村土地流转交易的安全。
农村土地流转有一个特点，就是往往随意性比较大，流转土地往往就说个大概的土地面积。这一方面取决于农民的法律意识相对于居民可能稍差，另外一个重要的原因，就是在不动产登记条例实行之前，农村土地相关不动产往往缺乏有力的权属证明。
比如现在农村中普遍的住宅均没有房产证及土地使用权证，相邻农户之间极容易发生宅基地纠纷。有时候，村民购买的其他村民的宅基地，可能又有其他村民提出异议，会认为其中部分宅基地是属于他所有。一旦遇到这种问题，即使起诉到法院，在没有不动产登记的情况下，法院也难以判断是非。而不动产登记条例实施之后，如果宅基地使用权进行了准确登记，购买人就不会再遇到类似困扰。购买人作为利益相关人，就可以对宅基地使用面积进行信息查询，从而获得准确信息，就不至于面临模棱两可的局面。
(四)有助于公民自由迁徙权的实现。
不动产登记条例如果实行得足够顺利，农村土地所涉不动产作为财产权利能够自由交易，顺畅流通，那么农村土地就可以与农民的人身分离开来，农民无需一定依附于土地。那么我国的农民就有可能实现跟美国的农民一样的迁徙自由;而我国的的人口大部分都是由农民构成，如果农民能够实现自由迁徙，那么我国的公民便没有了农民与非农民的严格区分，全体公民在国土范围内的自由迁徙将成为可能。
(一)有可能造成农村土地资源的过度集中，导致贫富差距的增大。
市场化发展到一定程度，不可避免会导致垄断的产生，当农村土地流转完全步入市场化的轨道之后，作为土地使用权拥有者的农民，势必会进入优胜劣汰的天演轨道，一些经营不善的农民，懒惰农民的土地慢慢会被善于经营者所兼并，最终失去土地的保障。如国家任由市场化进程不断深入，那么农民之间的贫富差距的扩大在所难免。
事实上，现在农村中真正从事农业生产的人口比例较之外出打工从事非农生产的人数已大为减少，农民间的贫富差距，因非农收入的差异而日益加大;而土地是农民间收入均衡化的最后保障，一旦土地流转进入市场化，那么因土地形成的收入均衡也势必被打破，贫富差距的进一步扩大很难避免。
(二)有可能使农民的社会保障问题日渐凸显。
