目前，玉米秸秆还田已逐步被农民朋友所接受，但部分农民对这一技术掌握不够全面，应用中出现了一些问题，甚至产生负效应，部分田块出现小麦出苗率低、苗黄、苗弱甚至死苗现象。经分析，主要原因是碳氮比失调、秸秆粉碎过粗、土壤过松，生产上应加以防范。
防碳氮比失调
玉米秸秆碳氮比为65~85∶1，而适宜微生物活动的碳氮比为25∶1，秸秆还田后土壤中若氮素不足，微生物会与作物争夺氮素，麦苗就会缺氮而黄化、瘦弱，生长不良。解决方法：秸秆粉碎后，可在秸秆表面每亩撒施碳酸氢铵50千克或尿素20千克，然后再行耕翻。
防秸秆粉碎过粗
有的地块粉碎后的秸秆过长，长度大于10厘米，不利于耕翻，影响播种。解决方法：使用马力相对较大的大型秸秆粉碎机，这样秸秆粉碎得细，而且旋耕较深，秸秆与土壤混合也均匀。
耕翻深度要合理
玉米秸秆还田时，一般应埋入10厘米以下的土层中，并耙平压实。同时还应注意本田秸秆还本田，不要将本田的秸秆还到其他田。
防病虫害传播
玉米秸秆还田时要选用生长良好的秸秆，不要把有病虫害的玉米秸秆还田，以免病虫害蔓延和传播。
特别提醒：带病的秸秆不能直接还田，否则翌年夏季若种植玉米易发生病害。这类秸秆应销毁或高温堆腐后再施入农田。
